이나즈미 수중 종유동의 기원은 지금부터 약 2억 수천 년 전으로 거슬러 올라갑니다. 먼 옛날, 공룡이 살았던 시대에 인류가 등장하며 이윽고 춥고 긴 빙하기에 접어들기 시작할 무렵이었습니다. 이 즈음, 이나즈미 수중 종유동의 바탕이 된 형태(동굴)가 생성되었다고 추정됩니다. 그리고 약 8만 5천 년 전에 발생한 구마모토현 아소산의 대분화로 인해 당시의 종유동은 완전히 물에 잠기게 되었습니다. 그 후 기나긴 세월이 지나 17~19세기 에도 시대에는 종유동의 존재를 알고는 있었지만, 그 누구도 직접 보지는 못했습니다. 그리고 발견된 것은 현대에 들어서였습니다. 어느 날, 하쿠산강에서 놀던 아이들이 물속 '구멍'을 발견했는데, 이것이 바로 종유동의 입구였습니다. 1976년에는 잠수 탐험대의 다이버들이 잠수 조사를 실시한 결과, 일본에서 가장 긴 약 1,000m의 수중 종유동이 확인되었습니다. 지금도 조사는 계속 이어지고 있으며, 2014년 2월에 실시한 잠수 조사에서는 새롭게 약 300m의 종유동이 발견되었습니다.